Pemerintah menerbitkan lima protokol terkait dengan penanganan wabah virus corona atau COVID-19, salah satunya area pendidikan. Untuk mengantisipasi dan melakukan peningkatan kewaspadaan terhadap virus corona Sekolah Kristen IPEKA melakukan pemeriksaan suhu tubuh sebelum memasuki lingkungan sekolah, secara berkala melakukan misting dan fogging di seluruh area sekolah, juga meningkatkan kesadaran murid akan kesehatan dengan mencuci tangan menggunakan sabun, dan menyediakan handsanitizer.
Kemudian Sebagai tindakan preventif guna memastikan seluruh murid aman dan mengantisipasi kemungkinan meningkatnya status kesiagaan terhadap wabah virus corona, Sekolah Kristen IPEKA menerapkan Home Based Learning mulai 17 Maret 2020.
Sistem Home Based Learning memungkinkan murid untuk tetap melanjutkan proses belajar secara online di rumah masing-masing, adapun IPEKA menggunakan aplikasi teknologi seperti Google Classroom, Google Docs, Google Meet, atau Youtube, dimana guru dapat memberikan pelajaran atau mengumpulkan tugas. Pembelajaran secara online pun dapat dilakukan melalui video conference menggunakan Google Meet yang telah terjadwal.
